La commune se situe au cœur du Haut Jura sud, à 10 Km située en surplomb de Saint Claude et à 50 Km de Genève et fait partie du Parc Naturel Régional du Haut Jura et de la communauté de communes "Haut Jura Saint Claude". Septmoncel se situe à 960 m d'altitude, à environ 4 km à vol d'oiseau au sud-est de la ville de Saint-Claude.
Trois circuits découverte, ont été créé, à travers différentes thématiques qui sont : Les lapidaires, le chamois et les Diots du jura. Des randonnées durant lesquelles vous pouvez découvrir le patrimoine naturel via ses différents belvédères : belvédère des Grès, belvédère de la Roche Blanche...