La commune est située à une douzaine de km de Saint-Claude, elle est implantée sur le plateau du Lizon et est entourée par les montagnes du massif du Jura.
Saint-Lupicin nait de la construction d'un monastère au Ve siècle par le moine Lupicin de Lauconne et son frère Romain de Condat qui lui avait auparavant construit la chapelle de Saint-Romain de Roche, près de la localité de Petit-Châtel. Le bourg monastique est alors nommé et ce jusque vers 1100 Lauconne qui signifie "Entre-deux montagnes"